I Program Tematyczny: Poprawa jakości życia i zarządzanie żywymi zasobami
zdrowie, żywność i czynniki środowiskowe
opanowanie wirusowych i innych zakaźnych chorób
"komórkowe fabryki" (biotechnologie)
starzejąca się populacja
zintegrowany rozwój terenów wiejskich i przybrzeżnych
II Program Tematyczny: Tworzenie przyjaznego Społeczeństwa Informatycznego
systemy i usługi dla obywateli
nowe metody pracy i elektronicznego handlu
multimedia
podstawowe technologie i infrastruktura
III Program Tematyczny: Promocja konkurencyjnego i zrównoważonego wzrostu
produkty, procesy, organizacja
zrównoważona mobilność i wymienność (transport)
nowe perspektywy aeronautyki
technologie morskie
miasto jutra i dziedzictwo kulturalne
IV Program Tematyczny: Ochrona ekosystemu
zarządzanie zasobami i jakością wody
globalne zmiany środowiskowe i klimat
promocja zrównoważonego użycia energii
produkcja i dostarczanie czystszej, bardziej konkurencyjnej i zróżnicowanej energii
I Program horyzontalny: Utwierdzanie międzynarodowej roli wspólnotowych badań
naukowych
(przygotowanie do stowarzyszenia krajów CEEC; promocja centrów doskonałości w CEEC; koordynacja z akcjami COST i EUREKA )
II Program horyzontalny: Innowacja i uczestnictwo małych i średnich przedsiębiorstw
(wspieranie innowacji oraz małych i średnich firm )
III Program horyzontalny: Wzrost potencjału ludzkiego
(wzmacnianie potencjału badawczego w EC - stypendia "Marie Curie"; poprawa wykorzystania głównych laboratoriów; promocja naukowej i technicznej doskonałości; badania socjo-ekonomiczne na potrzeby społeczeństwa; rozwój polityki naukowo-technicznej w Europie)